Гэта гісторыя распавядае пра дзяўчынку-чараўніцу Ако. Хаця, зваць яе чараўніцай будзе не зусім правільна. Вырасла яна ў звычайнай сям'і, так што магіі яе з дзяцінства ніхто не вучыў і ніякіх здольнасцяў у яе няма. У акадэмію Ако прыйшла натхнёная магічным спектаклем, які яна ўбачыла ў дзяцінстве. Спадзяючыся на цікавыя і вясёлыя заняткі, яна паступае ў акадэмію «Луна Нова», аднак большасць яе ўрокаў — гэта толькі тэорыя: чытанне кніг, лекцыі, запісы і амаль ніякіх практычных заняткаў, што відавочна не па душы вядзьмарцы-пачаткоўцу.

Аднойчы яе клас адпраўляецца ў лабірынт для пошуку рэдкіх прадметаў па заданні настаўніка. Прагульваючыся па калідорах падзямелля, Ако чуе крык і, канешне ж, адразу кідаецца на дапамогу. Праз некаторы час, дзякуючы сваёй сяброўцы-алхіміку, яна знаходзіць новую, яшчэ нязведаную частку лабірынта. Монстры? Старажытныя артэфакты? Магічныя загадкі? Усё трэба знайсці, пазнаць і паглядзець, нельга стаяць на месцы, бо гэта шанец паказаць сябе і нарэшце дабіцца поспехаў у вядзьмарстве.

Заўвага: «Акадэмія маленькіх вядзьмарак» — адно з чатырох анімэ, якія атрымалі 38 мільёнаў іен (каля 480 тысяч долараў) з "Праекта падрыхтоўкі маладых аніматараў 2012".